En el año 1573 comenzó sus estudios en el colegio de La Roche continuando dos años más tarde en Annecy. Recibió la primera comunión con diez años de edad. El episodio más singular de su adolescencia fue la tonsura, que el niño quiso recibir en Clermont con once años, ya que tenía la intención de entrar en el estado clerical. Ese acto era muy común en aquellos tiempos y no eran siempre nobles los motivos que llevaban a ella, pero el niño en su interior, aunque no lo decía abiertamente, quería ser clérigo. Los padres lo consintieron pues Francisco era muy aplicado en los estudios y, de hecho, para recibir una mejor educación lo enviaron a la universidad de París en el año 1582.

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En la capital francesa, bajo la influencia de los jesuitas, hizo los estudios clásicos de lenguas y filosofía y recibió una importante formación humanística y espiritual. Pero, fruto de algunas discusiones filosóficas de la época, cuando tenía unos diecinueve años de edad, sufrió una angustia que lo atormentaba: siempre tenía in mente “si él estaba predestinado a ser condenado eternamente” y, así, pasó varios meses completamente amargado, aunque esta amargura se disipó de repente cuando un día, estando en la Iglesia de San Esteban de Grés ante la imagen de la Santísima Virgen recitando la oración: “𝐀𝐜𝐨𝐫𝐝𝐚𝐨𝐬, 𝐨𝐡 𝐩𝐢𝐚𝐝𝐨𝐬𝐢́𝐬𝐢𝐦𝐚 𝐕𝐢𝐫𝐠𝐞𝐧 𝐌𝐚𝐫𝐢́𝐚, 𝐪𝐮𝐞 𝐣𝐚𝐦𝐚́𝐬 𝐬𝐞 𝐡𝐚 𝐨𝐢́𝐝𝐨 𝐝𝐞𝐜𝐢𝐫 𝐪𝐮𝐞 𝐧𝐢𝐧𝐠𝐮𝐧𝐨 𝐝𝐞 𝐥𝐨𝐬 𝐪𝐮𝐞 𝐡𝐚𝐧 𝐚𝐜𝐮𝐝𝐢𝐝𝐨 𝐚 𝐯𝐮𝐞𝐬𝐭𝐫𝐚 𝐩𝐫𝐨𝐭𝐞𝐜𝐜𝐢𝐨́𝐧, 𝐢𝐦𝐩𝐥𝐨𝐫𝐚𝐧𝐝𝐨 𝐯𝐮𝐞𝐬𝐭𝐫𝐚 𝐚𝐬𝐢𝐬𝐭𝐞𝐧𝐜𝐢𝐚 𝐲 𝐫𝐞𝐜𝐥𝐚𝐦𝐚𝐧𝐝𝐨 𝐯𝐮𝐞𝐬𝐭𝐫𝐨 𝐬𝐨𝐜𝐨𝐫𝐫𝐨, 𝐡𝐚𝐲𝐚 𝐬𝐢𝐝𝐨 𝐚𝐛𝐚𝐧𝐝𝐨𝐧𝐚𝐝𝐨 𝐩𝐨𝐫 𝐕𝐨𝐬…”. El mismo escribe en una de sus obras que “𝐝𝐞𝐬𝐝𝐞 𝐞𝐬𝐞 𝐦𝐨𝐦𝐞𝐧𝐭𝐨 𝐜𝐨𝐦𝐞𝐧𝐜𝐞́ 𝐚 𝐭𝐞𝐧𝐞𝐫 𝐮𝐧𝐚 𝐯𝐢𝐬𝐢𝐨́𝐧 𝐦𝐚́𝐬 𝐨𝐩𝐭𝐢𝐦𝐢𝐬𝐭𝐚 𝐝𝐞 𝐥𝐚 𝐯𝐢𝐝𝐚”. Se le acabaron los escrúpulos y la amargura que lo atormentaban.

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Pero no contento con lo que estaba estudiando – humanidades y filosofía -, quiso estudiar teología y Sagradas Escrituras, e incluso, hebreo y griego. Cuando terminó sus estudios en París en el año 1588, su padre lo envió a la Universidad de Padua en Italia para que estudiara derecho y allí consiguió la licenciatura. En aquel ambiente universitario, alegre pero también licencioso, en el que sus compañeros intentaron arrastrarlo a una conducta algo irregular, él demostró una singular firmeza de carácter y bajo la dirección del jesuita Antonio Possevino, adquirió una formación espiritual mucho más profunda, más robusta. El continuó con sus estudios teológicos, humanísticos y naturales.

En el año 1592, antes de volver a Francia, fue al Santuario de Loreto y a Roma. En Francia, la espléndida carrera soñada por su padre estaba a punto de hacerse realidad: el joven abogado se había incorporado al Senado de Chambéry, pero Francisco estaba decidido a acceder al sacerdocio. Sin que él lo supiera, fue nombrado preboste del cabildo de Ginebra, el cual estaba en Annecy (Francia) junto con el obispo, pues en Ginebra (Suiza) predominaba el calvinismo, y él vio en esto un signo divino que le invitaba a abandonar la abogacía para abrazar el sacerdocio. La reacción del padre fue muy violenta, pero poco a poco se fueron aplacando los ánimos y así consiguió ser ordenado de sacerdote el 18 de diciembre del 1593. Estaba perfectamente preparado tanto desde el punto de vista humanístico como espiritual.

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Como sacerdote y siguiendo los consejos que había recibido desde pequeño en su casa, se dedicó completamente a los pobres y enfermos, a la predicación y al ministerio de la confesión. Su oratoria difería de la que estaba en uso: en vez de abusar de las citas clásicas o de los arrebatos oratorios, él se basaba en las Sagradas Escrituras haciendo unas exposiciones muy sobrias pero muy convincentes. Eso era fruto de su preparación intelectual y espiritual, ya que él no concebía que pudiese existir un sacerdote que no tuviese una cultura sagrada.

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A instancia del obispo, en el 1594, inició en la región de Chablais una misión bastante difícil, ya que aquella zona estaba dominada por el protestantismo, que impedía cualquier tipo de culto católico: habían destruido las iglesias, cerrados los monasterios y encarcelados a los clérigos. Allí no se admitía a ningún sacerdote católico. Francisco, en contra de la voluntad de su padre que temía por la vida de su hijo, se marchó valientemente a aquella zona dispuesto a restablecer el culto católico. Allí le hicieron el vacío, nadie se acercaba a él y vivió unos meses muy duros debido a la hostilidad de los calvinistas, que incluso lo amenazaron en más de una ocasión. El resistía la hostilidad de los calvinistas por un lado y las presiones de su padre por el otro, para que volviera a zona católica. Con mucha calma y serenidad continuaba su apostolado e ideó una nueva y atrevida forma de iniciar el diálogo: 𝐥𝐚𝐬 𝐜𝐨𝐧𝐭𝐫𝐨𝐯𝐞𝐫𝐬𝐢𝐚𝐬.

Escribió con su pluma unos brevísimos folletos (las controversias), que pegaba en las paredes y echaba por debajo de las puertas de las casas y de una forma que hoy llamaríamos “periodística” (𝐫𝐞𝐜𝐨𝐫𝐝𝐞𝐦𝐨𝐬 𝐪𝐮𝐞 𝐞𝐬 𝐞𝐥 𝐩𝐚𝐭𝐫𝐨́𝐧 𝐝𝐞 𝐥𝐨𝐬 𝐩𝐞𝐫𝐢𝐨𝐝𝐢𝐬𝐭𝐚𝐬), exponía con claridad la doctrina católica y refutaba los errores calvinistas, utilizando siempre un tono firme, pero a la vez, conciliador y después de siete meses siguiendo esta táctica, empezaron a verse los primeros signos de eficacia. Su constancia, su coraje ante quienes lo amenazaban, la serenidad que desprendía su rostro y la fuerza convincente de sus argumentos, le fueron creando una simpatía y una estima que hizo que comenzaran las primeras conversiones al catolicismo. Como los más furibundos calvinistas no se atrevían a debatir con él en público, intentaron asesinarlo, pero la tentativa se frustró. Nunca perdió la serenidad, siempre quiso conquistar a quién pensaba de manera distinta, nunca quiso entrar en polémicas y eso llamaba mucho la atención en una época que era muy intolerante. Poco a poco se reinició el culto católico y el éxito fue tan rotundo que incluso fue comunicado a Roma.

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Ante esto, el obispo que lo había enviado a Chablais quiso retenerlo como su coadjutor, pero Francisco intentó inútilmente renunciar a esta nueva responsabilidad. Por eso, el obispo lo envió a Roma para resolver “algunas cuestiones diocesanas” (𝐥𝐥𝐞𝐯𝐚𝐛𝐚, 𝐬𝐢𝐧 𝐬𝐚𝐛𝐞𝐫𝐥𝐨, 𝐮𝐧𝐚 𝐜𝐚𝐫𝐭𝐚 𝐞𝐧 𝐥𝐚 𝐜𝐮𝐚𝐥 𝐞𝐥 𝐨𝐛𝐢𝐬𝐩𝐨 𝐥𝐞 𝐩𝐫𝐨𝐩𝐨𝐧𝐢́𝐚 𝐚𝐥 𝐏𝐚𝐩𝐚 𝐪𝐮𝐞 𝐥𝐨 𝐧𝐨𝐦𝐛𝐫𝐚𝐫𝐚 𝐨𝐛𝐢𝐬𝐩𝐨-𝐜𝐨𝐚𝐝𝐣𝐮𝐭𝐨𝐫) y allí fue recibido muy amablemente por el Papa Clemente VIII, el cual, ayudado por tres teólogos, prácticamente le hizo “𝐮𝐧 𝐞𝐱𝐚𝐦𝐞𝐧 𝐜𝐨𝐦𝐨 𝐩𝐚𝐫𝐚 𝐧𝐨𝐦𝐛𝐫𝐚𝐫𝐥𝐨 𝐨𝐛𝐢𝐬𝐩𝐨”. De vueltas a Chablais se encontró con la muerte de su padre. Un año más tarde, en 1602, el obispo Claude Granier lo envió en misión diplomática a París para pedirle al rey Enrique IV que devolviera a la Iglesia los bienes que le había confiscado y allí, con los sermones que pronunció el 27 de abril, aumentó tanto su reputación que el propio rey le ofreció el nombramiento de obispo de la ciudad. Él lo rechazó con una frase que se hizo célebre: “𝐲𝐨 𝐦𝐞 𝐡𝐞 𝐜𝐚𝐬𝐚𝐝𝐨 𝐜𝐨𝐧 𝐮𝐧𝐚 𝐞𝐬𝐩𝐨𝐬𝐚 𝐩𝐨𝐛𝐫𝐞 𝐲 𝐧𝐨 𝐩𝐮𝐞𝐝𝐨 𝐝𝐞𝐣𝐚𝐫𝐥𝐚 𝐩𝐨𝐫 𝐨𝐭𝐫𝐚 𝐫𝐢𝐜𝐚”. Allí estuvo unos nueve meses y conoció a Jeanne Avrillot de Acarie a quién ayudó a instaurar la Orden de las Carmelitas Descalzas. Esta monja sería la futura Beata María de la Encarnación.

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El 8 de diciembre del 1602 fue consagrado en Thorens como obispo de Ginebra, aunque sus veinte años de episcopado tuvieron que transcurrir en Annecy ya que era imposible vivir en Ginebra pues la ciudad estaba dominada por los calvinistas, los cuales acechaban incesantemente al obispo, que era incapaz de estar impasible y que desarrollaba una actividad incansable y variadísima. En Annecy se dedicó por completo a los más necesitados y a animar e instruir a su clero, no solo organizando sínodos diocesanos anualmente, sino estableciendo lazos de amistad y cordialidad con cada uno de sus sacerdotes, especialmente con aquellos que no eran completamente fieles a su vocación sacerdotal. En este sentido, se dedicó a darles instrucciones precisas y preciosas acerca de cómo administrar el sacramento de la confesión, cómo predicar y cómo tenían que ser doctos en materia doctrinal y santos en su forma de vida. Para colmo, las graves dificultades económicas por las que pasaba le impidió poner en funcionamiento un seminario que instruyera a los aspirantes al sacerdocio.

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Jamás abandonó a los religiosos regulares, fundó varios monasterios y con dulzura, pero con firmeza les instruía sobre el verdadero espíritu de las reglas que profesaban. Tuvo que intervenir en algunos problemas surgidos entre los Canónigos de San Agustín en Saboya, en los benedictinos de Talloires y en la Abadía de Sixt. Con respecto al pueblo su actividad pastoral fue muy intensa. Visitó todas y cada una a las cuatrocientas cincuenta parroquias de su diócesis, superando para ello grandísimas dificultades de todo tipo, ya que muchas parroquias estaban muy alejadas y situadas en zonas montañosas con caminos prácticamente inaccesibles. Quién conozca esa zona de los Alpes, sabe a lo que me refiero, pues yo, precisamente, he estado por allí. En cada una de ellas, predicaba, confesaba, administraba los sacramentos, visitaba a los enfermos en sus casas y les ayudaba a resolver sus problemas personales, los cuales vivía como si fueran propios. Eran encuentros muy rentables desde el punto de vista pastoral pues ayudaba a retornar al catolicismo a muchos que lo habían abandonado bien por desidia o malaconsejados por los calvinistas. En cada lugar, se adaptaba a las circunstancias allí existentes, a las circunstancias personales de cada uno de los habitantes de la localidad y con esa forma de actuar siempre se ganaba la simpatía y la estima de todo el pueblo. El mismo lo llega a decir en sus escritos: “𝐄𝐧𝐭𝐫𝐞 𝐥𝐚𝐬 𝐚𝐥𝐭𝐚𝐬 𝐦𝐨𝐧𝐭𝐚𝐧̃𝐚𝐬, 𝐡𝐞 𝐞𝐧𝐜𝐨𝐧𝐭𝐫𝐚𝐝𝐨 𝐚 𝐮𝐧𝐚 𝐠𝐫𝐚𝐧 𝐩𝐨𝐛𝐥𝐚𝐜𝐢𝐨́𝐧. ¡𝐐𝐮𝐞́ 𝐡𝐨𝐧𝐨𝐫 𝐩𝐚𝐫𝐚 𝐞𝐬𝐭𝐞 𝐨𝐛𝐢𝐬𝐩𝐨!”.

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Uno de sus principales problemas y satisfacciones fue el de la catequesis de los niños. Con este propósito, ya desde el inicio de su episcopado hizo una especie de reglamento, aunque siempre dispuesto a complementarlo con nuevas disposiciones y sugerencias. Fundó una Confraternidad de la Doctrina Cristiana formada por seglares aunque adoptando el catecismo de San Roberto Bellarmino y él fue el primero que se puso al frente a fin de dar ejemplo. En la ciudad de Annecy, él mismo daba la catequesis y sus exposiciones eran tan simples, tan claras, adornadas con tantos ejemplos, que cuando caminaba por la ciudad siempre iba rodeado de chiquillos.

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En aquellos tiempos, turbados por el auge de los calvinistas en la zona, tuvo especial predilección por la predicación y a este ministerio se dedicó con singularidad, especialmente durante la Cuaresma y en algunas fiestas señaladas, aunque ya más abiertamente, sin usar los métodos que utilizaba cuando estaba en Chablais (𝐥𝐚𝐬 𝐜𝐨𝐧𝐭𝐫𝐨𝐯𝐞𝐫𝐬𝐢𝐚𝐬). Entre noviembre de 1618 a septiembre del año siguiente, se le contabilizaron más trescientos sesenta sermones o pláticas, y con ellos, se incrementaba su prestigio, pero sobre todo, aumentaban las conversiones de aquellos que habían abandonado el catolicismo para pasarse a las filas calvinistas. La correspondencia epistolar fue también una de sus actividades apostólicas, conservándose más de dos mil cartas escritas a personas de toda índole social, incluso a santos, como San Vicente de Paul y un hombre, con una cultura humanística como la suya, no quiso olvidarse de los intelectuales de su diócesis, especialmente, de los residentes en Annecy. Ni las incomprensiones de los poderosos, ni los hostigamientos constantes de los calvinistas, ni la indiferencia de algunos antiguos amigos, fueron un obstáculo que le impidiera su intensa actividad apostólica.